MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydophila psittaci RD1 plasmid pRD1

Total Repeats: 149

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014797	CAC	3	9	165	173	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	409191176
2	NC_014797	ATT	2	6	182	187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409191176
3	NC_014797	AGC	2	6	203	208	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409191176
4	NC_014797	AGAA	2	8	243	250	75 %	0 %	25 %	0 %	409191176
5	NC_014797	TAG	2	6	274	279	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191176
6	NC_014797	AT	3	6	286	291	50 %	50 %	0 %	0 %	409191176
7	NC_014797	TGT	2	6	324	329	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409191176
8	NC_014797	AGC	2	6	416	421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409191176
9	NC_014797	TA	3	6	426	431	50 %	50 %	0 %	0 %	409191176
10	NC_014797	TTA	2	6	469	474	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409191176
11	NC_014797	AG	3	6	558	563	50 %	0 %	50 %	0 %	409191176
12	NC_014797	GTT	2	6	566	571	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409191176
13	NC_014797	T	6	6	573	578	0 %	100 %	0 %	0 %	409191176
14	NC_014797	A	6	6	716	721	100 %	0 %	0 %	0 %	409191176
15	NC_014797	AG	3	6	801	806	50 %	0 %	50 %	0 %	409191176
16	NC_014797	ACA	2	6	833	838	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191176
17	NC_014797	CAAT	2	8	844	851	50 %	25 %	0 %	25 %	409191176
18	NC_014797	TAT	3	9	858	866	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409191176
19	NC_014797	A	8	8	947	954	100 %	0 %	0 %	0 %	409191176
20	NC_014797	TCT	2	6	996	1001	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	409191176
21	NC_014797	T	7	7	1172	1178	0 %	100 %	0 %	0 %	409191177
22	NC_014797	TAG	2	6	1195	1200	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191177
23	NC_014797	T	7	7	1276	1282	0 %	100 %	0 %	0 %	409191177
24	NC_014797	TG	3	6	1336	1341	0 %	50 %	50 %	0 %	409191177
25	NC_014797	TTTC	2	8	1425	1432	0 %	75 %	0 %	25 %	409191177
26	NC_014797	TAA	2	6	1477	1482	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409191177
27	NC_014797	TTG	2	6	1483	1488	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409191177
28	NC_014797	AC	3	6	1495	1500	50 %	0 %	0 %	50 %	409191177
29	NC_014797	TGT	2	6	1556	1561	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409191177
30	NC_014797	GAA	2	6	1597	1602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191177
31	NC_014797	ATA	2	6	1657	1662	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409191177
32	NC_014797	TGA	2	6	1734	1739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191177
33	NC_014797	ATT	2	6	1758	1763	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409191177
34	NC_014797	TTAG	2	8	1788	1795	25 %	50 %	25 %	0 %	409191177
35	NC_014797	AT	3	6	1798	1803	50 %	50 %	0 %	0 %	409191177
36	NC_014797	TGC	2	6	1808	1813	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409191177
37	NC_014797	AC	3	6	1841	1846	50 %	0 %	0 %	50 %	409191177
38	NC_014797	TGT	2	6	1885	1890	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409191177
39	NC_014797	TTCT	2	8	1942	1949	0 %	75 %	0 %	25 %	409191177
40	NC_014797	AGA	2	6	1997	2002	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191177
41	NC_014797	AGAA	2	8	2072	2079	75 %	0 %	25 %	0 %	409191177
42	NC_014797	GTT	2	6	2096	2101	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409191177
43	NC_014797	CA	4	8	2162	2169	50 %	0 %	0 %	50 %	409191177
44	NC_014797	GAA	3	9	2283	2291	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191178
45	NC_014797	T	6	6	2313	2318	0 %	100 %	0 %	0 %	409191178
46	NC_014797	ATT	2	6	2338	2343	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409191178
47	NC_014797	TGT	3	9	2357	2365	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409191178
48	NC_014797	CAC	2	6	2382	2387	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	409191178
49	NC_014797	AT	3	6	2410	2415	50 %	50 %	0 %	0 %	409191178
50	NC_014797	AT	3	6	2431	2436	50 %	50 %	0 %	0 %	409191178
51	NC_014797	CAATAT	2	12	2452	2463	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	409191178
52	NC_014797	AGA	2	6	2487	2492	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191178
53	NC_014797	ATC	2	6	2566	2571	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409191178
54	NC_014797	GATT	2	8	2849	2856	25 %	50 %	25 %	0 %	409191178
55	NC_014797	TTC	2	6	2882	2887	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	409191178
56	NC_014797	ATTAT	2	10	2904	2913	40 %	60 %	0 %	0 %	409191178
57	NC_014797	TGT	2	6	2927	2932	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409191178
58	NC_014797	TGC	2	6	2936	2941	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409191178
59	NC_014797	CAAAT	2	10	3043	3052	60 %	20 %	0 %	20 %	409191178
60	NC_014797	AG	3	6	3056	3061	50 %	0 %	50 %	0 %	409191178
61	NC_014797	CTT	2	6	3085	3090	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	409191178
62	NC_014797	A	6	6	3297	3302	100 %	0 %	0 %	0 %	409191178
63	NC_014797	AGA	2	6	3410	3415	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191178
64	NC_014797	TGT	2	6	3436	3441	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409191178
65	NC_014797	TAT	2	6	3510	3515	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409191178
66	NC_014797	TAG	2	6	3550	3555	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191178
67	NC_014797	CAA	2	6	3583	3588	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191178
68	NC_014797	AAG	2	6	3631	3636	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191178
69	NC_014797	AGA	2	6	3718	3723	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191179
70	NC_014797	AGC	2	6	3811	3816	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409191179
71	NC_014797	CAA	2	6	3837	3842	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191179
72	NC_014797	TTAT	2	8	3868	3875	25 %	75 %	0 %	0 %	409191179
73	NC_014797	A	7	7	3961	3967	100 %	0 %	0 %	0 %	409191179
74	NC_014797	AAG	2	6	4005	4010	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191179
75	NC_014797	GAA	2	6	4094	4099	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191179
76	NC_014797	TC	3	6	4122	4127	0 %	50 %	0 %	50 %	409191179
77	NC_014797	GAA	2	6	4190	4195	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191179
78	NC_014797	A	6	6	4217	4222	100 %	0 %	0 %	0 %	409191179
79	NC_014797	TCA	2	6	4233	4238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409191179
80	NC_014797	TAG	2	6	4257	4262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191179
81	NC_014797	A	8	8	4387	4394	100 %	0 %	0 %	0 %	409191179
82	NC_014797	AAATAG	2	12	4428	4439	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	409191179
83	NC_014797	AT	3	6	4477	4482	50 %	50 %	0 %	0 %	409191179
84	NC_014797	A	7	7	4499	4505	100 %	0 %	0 %	0 %	409191179
85	NC_014797	AAAC	2	8	4558	4565	75 %	0 %	0 %	25 %	409191179
86	NC_014797	A	6	6	4595	4600	100 %	0 %	0 %	0 %	409191179
87	NC_014797	TATTT	2	10	4605	4614	20 %	80 %	0 %	0 %	409191179
88	NC_014797	CAA	2	6	4641	4646	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191179
89	NC_014797	CAA	2	6	4665	4670	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191179
90	NC_014797	CAA	2	6	4830	4835	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191180
91	NC_014797	CAG	2	6	4864	4869	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409191180
92	NC_014797	CCA	2	6	4930	4935	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	409191180
93	NC_014797	AAG	2	6	5041	5046	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191180
94	NC_014797	AAT	2	6	5057	5062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409191180
95	NC_014797	A	6	6	5116	5121	100 %	0 %	0 %	0 %	409191180
96	NC_014797	TTTA	2	8	5135	5142	25 %	75 %	0 %	0 %	409191180
97	NC_014797	CTG	2	6	5233	5238	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409191180
98	NC_014797	CAT	2	6	5240	5245	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409191180
99	NC_014797	TCA	2	6	5328	5333	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409191180
100	NC_014797	TGTT	2	8	5345	5352	0 %	75 %	25 %	0 %	409191180
101	NC_014797	ACA	2	6	5371	5376	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191180
102	NC_014797	TC	3	6	5398	5403	0 %	50 %	0 %	50 %	409191180
103	NC_014797	TGG	2	6	5411	5416	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	409191180
104	NC_014797	GTG	2	6	5425	5430	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	409191180
105	NC_014797	AT	3	6	5491	5496	50 %	50 %	0 %	0 %	409191180
106	NC_014797	ACA	2	6	5513	5518	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191180
107	NC_014797	TAA	2	6	5529	5534	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409191180
108	NC_014797	ATGA	2	8	5626	5633	50 %	25 %	25 %	0 %	409191181
109	NC_014797	A	6	6	5726	5731	100 %	0 %	0 %	0 %	409191181
110	NC_014797	T	6	6	5736	5741	0 %	100 %	0 %	0 %	409191181
111	NC_014797	ACTT	2	8	5789	5796	25 %	50 %	0 %	25 %	409191181
112	NC_014797	ATA	2	6	5858	5863	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409191181
113	NC_014797	A	7	7	5874	5880	100 %	0 %	0 %	0 %	409191181
114	NC_014797	GGT	2	6	5995	6000	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	409191182
115	NC_014797	AAC	2	6	6009	6014	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191182
116	NC_014797	GTA	2	6	6032	6037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191182
117	NC_014797	A	7	7	6057	6063	100 %	0 %	0 %	0 %	409191182
118	NC_014797	GAT	2	6	6127	6132	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191182
119	NC_014797	AGA	2	6	6172	6177	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191182
120	NC_014797	CATA	2	8	6180	6187	50 %	25 %	0 %	25 %	409191182
121	NC_014797	AGA	2	6	6234	6239	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191182
122	NC_014797	ATG	2	6	6317	6322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191182
123	NC_014797	CCT	2	6	6340	6345	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	409191182
124	NC_014797	AAG	2	6	6365	6370	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191182
125	NC_014797	TG	3	6	6396	6401	0 %	50 %	50 %	0 %	409191182
126	NC_014797	CAA	2	6	6458	6463	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191182
127	NC_014797	T	6	6	6494	6499	0 %	100 %	0 %	0 %	409191182
128	NC_014797	GAAA	2	8	6511	6518	75 %	0 %	25 %	0 %	409191182
129	NC_014797	CAA	2	6	6521	6526	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191182
130	NC_014797	CAG	2	6	6606	6611	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409191182
131	NC_014797	TTA	2	6	6616	6621	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409191182
132	NC_014797	ATC	2	6	6627	6632	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409191182
133	NC_014797	TAA	2	6	6635	6640	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409191182
134	NC_014797	AGC	2	6	6660	6665	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409191182
135	NC_014797	TGA	2	6	6714	6719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191182
136	NC_014797	AAG	2	6	6757	6762	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191183
137	NC_014797	T	7	7	6770	6776	0 %	100 %	0 %	0 %	409191183
138	NC_014797	TAG	2	6	6883	6888	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191183
139	NC_014797	GAA	2	6	6912	6917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191183
140	NC_014797	TACT	2	8	6946	6953	25 %	50 %	0 %	25 %	409191183
141	NC_014797	ACA	2	6	6977	6982	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191183
142	NC_014797	GA	3	6	6997	7002	50 %	0 %	50 %	0 %	409191183
143	NC_014797	A	6	6	7028	7033	100 %	0 %	0 %	0 %	409191183
144	NC_014797	ACA	2	6	7050	7055	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191183
145	NC_014797	CCT	2	6	7299	7304	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	409191183
146	NC_014797	TCT	2	6	7311	7316	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	409191183
147	NC_014797	CAGA	2	8	7317	7324	50 %	0 %	25 %	25 %	409191183
148	NC_014797	GT	3	6	7328	7333	0 %	50 %	50 %	0 %	409191183
149	NC_014797	TCT	2	6	7395	7400	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	409191183

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.